真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
住在关东地区马萨拉镇的主人公小智从大户博士那里得到了皮卡丘、怪兽球和图鉴，踏上了成为宝可梦大师的冒险之旅。在尼比道馆、口场道馆等进行激烈的战斗，无论走到哪里都会遇到神奇宝贝。神奇宝贝电视动画系列的第一部分，包括神奇宝贝的神秘故事和幽默的面部表情。