《女人就是女人》的故事從班長趙凌風（黃家恆飾）開始，凌風學業成績理想並且開始跟同班同學麗淇（麥詠楠飾）交往。可是，凌風卻對自己的男兒身並不自在，並且渴望成為女性，對於性別認同感到困擾，並在一次到麗淇家的過程碰到她的媽媽宋紫洳（李蕙敏飾）。四十歲的紫洳跟丈夫志鴻（鄧汝超飾）結婚十多年，跟丈夫與前妻所生的女兒關係良好。可是，志鴻卻無意發現了紫洳是跨性別人士，無法接受現實，並令家庭瀕臨破裂。
本片根據真人真事改編，描述兩位跨性別女性的故事。宋紫洳在變性後隱藏原本的性別身份，重新建立自己的一切，組織家庭並領養名繼女。一切看似美好，直到她的身份無意中被丈夫發現，美好家庭就此毀於一旦。年輕的凌風自小已覺得和其他男生不同，不單性格和舉止，思想也比較女性化。保守宗教家庭的教育下，凌風對自己身份的疑惑一直不敢面對。但情竇初開的年紀，凌風不禁開始思考著自己的性別和嚮往的生活。