Sean作为中央情报局的成员，他奉命调查一件案子。随着案件的发展，他也开始慢慢陷入危机，在纽约这座大都市里，一群忍者的暗杀计划也逐渐浮出水面……Sean可以查出真相吗？
一支三角洲部队试图逃离异国忍者的追捕，但大多数人被杀，其余人被俘。秘密忍者军由前英国警察、反美人士斯卡夫·马尔格鲁 (Scarf Mulgrew) 上校领导，他与穆斯林激进分子谢赫·阿里·马克苏德 (Shiekh Ali Maksood) 结盟，计划将手提箱核武器带到纽约。马尔格鲁威胁要活活烧死突击队员并使用核武器，除非他支付 5000 万美元的赎金。特工肖恩·戴维森和卡尔·布拉克斯顿奉命执行一项秘密任务，营救囚犯并击败恐怖分子。
肖恩和卡尔跳伞降落并与他们的联系人潘戈会面。在向当地名叫弗雷迪的特工收集信息时，他们遇到了马尔格鲁和以奥莱利为首的腐败的当地警察。弗雷迪被马尔格鲁杀死，但肖恩、卡尔和潘戈逃脱了。潘戈把它们带到和平队护士莎拉医生那里，她把它们藏起来不让警察发现。忍者袭击后不久，他们活捉了肖恩、卡尔和莎拉，而潘戈则逃脱了，并将他们囚禁在一座古老的英国堡垒中，供马尔格鲁折磨。穆格鲁袭击了莎拉，后来有消息称穆格鲁杀死了她的父亲。
乔·阿姆斯特朗是一名特种部队突击队员，现在在和平队担任教师，他终于被说服去帮助营救他的朋友肖恩和其他人。[2]乔说服当地名为硫磺泉 (Sulphur Springs) 的反叛组织（由坦巴博士领导的前流放地）加入他们，并窃取了堡垒的工程计划。乔悄悄进入堡垒并救出了肖恩、卡尔、莎拉和大多数正在被处决的突击队员，而硫磺泉也袭击了堡垒。马克苏德携带炸弹的直升机被卡尔摧毁，马尔格鲁被肖恩杀死，超级忍者被乔杀死。乔向丹波博士和肖恩告别，说他会去学校，然后穿过成堆的死去的忍者和被毁坏的堡垒的废墟。