继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
史丹斯拉夫·卡拉斯 山姆·科利特 马辛·多洛辛斯基 Maria Guiver 弗丽达·古斯塔夫松 布莱德利·詹姆斯 约翰内斯·豪克尔·约翰内森 Hayat Kamille 索菲娅·莱贝德娃 弗罗里安·穆特鲁 Tolga Safer 里奥·苏特
凯文·科斯特纳 卢克·葛莱姆斯 凯利·蕾莉 韦斯·本特利 科尔·豪瑟 凯尔西·周 布雷肯·梅里尔 杰佛逊·怀特 吉尔·伯明翰 伊恩·鲍汉 丹宁 理查兹 丹尼·赫斯顿 弗里·J·史密斯 鲁迪·拉莫斯 瑞恩·宾汉姆 凯瑟琳·坎宁安 摩西·布林斯·普兰提 阿提库斯·托德 休·狄伦 塔娜亚·比蒂 尼尔·麦克唐纳 史蒂文·威廉姆斯
吉姆·帕森斯 凯莉·库柯 约翰尼·盖尔克奇 西蒙·赫尔伯格 昆瑙·内亚 马伊姆·拜力克 梅丽莎·劳奇 凯文·苏斯曼 劳丽·梅特卡夫 瑞琪·琳德赫姆 史蒂芬·霍金 贝丝·比厄 沃尔顿·戈金斯 比尔·盖茨 马克·哈米尔 凯西·贝茨 劳伦·拉普库斯 Joseph Teller 约翰·罗斯·鲍伊 布莱恩·波塞恩 威尔·惠顿 考特尼·海根勒 杰瑞·奥康奈尔 尼尔·盖曼