《Sacred Seven》的故事舞台设定在一个港口城市中，故事围绕着含有其中特别力量的原石Sacred Seven所展开，其中，能自我控制或抑制力量的爆发或使用，代表正义的力量是“善石”；而任由能量暴走的代表邪恶的怪物则是“恶石”。（“恶石”条件具备时也可能转化“善石”）
某一天，在一直孤单地一人生活的男主角丹童子阿尔玛面前，突然出现了一位带领著管家和女仆的少女蓝羽瑠璃。蓝羽希望能借用丹童子的Sacred Seven“恶石”力量。但是，害怕曾经因自身Sacred Seven“恶石”力量“暴走”而伤人的事件重演，理所当然地把瑠璃她们赶走了。另一方面，这个平稳的城市中突然出现了强大地石之魔物“恶石”。为了保护他人，也为瑠璃的诚意打动，丹童子同意将成为瑠璃的助力。原来，瑠璃拥有Sacred Seven“善石”力量，能够把丹童子身上的Sacred Seven力量真正地解放出来，使丹童子能够不受“恶石”力量的影响“暴走”，击退“恶石”。
本篇的男主角丹童子由于过去发生了力量的暴走伤人事件，使他变得孤僻，并因此过著孤单的学园生活。瑠璃的出现，使他开始得新审视Sacred Seve..
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