动画片《百万吨级武藏》是由日野晃博负责导演的动画作品，讲述了住在赤城町的高中生大和，因吵架引起了骚动而被关在拘留所。大和在那里遇到了自己的同学-辉，辉告诉大和需要承担一个案件作为出拘留所的条件。被辉带到地下的大和以及吵架对象龙吾等人所看到了强烈冲击感的巨大机体--武藏。大和、辉、龙吾三人乘上武藏，防护壕之外场面，是与外星人们激烈战斗的战场，大和他们凭借机舱武藏优异的性能取得了胜利。附身于明日菜的阿夏姆，想要暗杀大和却失败了。被大和发现的阿夏姆便采取谎言告白来掩饰自己的行动。在那之后，大和等人听到了其中一个飞行员被暗杀的消息；转校生雨宫因追赶逃走的猫发现了沉睡海湾中的新型机器人，误入驾驶舱从而带着猫开启自动驾驶向战场出击。大和等人接到出击的传唤后，与雨宫一起前往战场，开始他们第一次的共同作战。
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